L'isola, posta di fronte alla costa nord orientale della Sardegna, ha una superficie di 20,1 km² ed è l'unica abitata dell'arcipelago di la Maddalena. Il punto più alto dell'isola è raggiunto dalla Guardia Vecchia, una collina interna che si eleva per 146 m s.l.m. L'isola è formata prevalentemente da roccia granitica, le coste che si estendono per circa 45 km sono quindi frastagliate e rocciose e l'interno è caratterizzato da alcuni colli di modeste dimensioni. Data la natura delle coste sono presenti molte piccole cale, tra queste vi sono:
Cala dello Spalmatore, posta a nord del Museo navale e ricca di formazioni granitiche;
Cala di Abbatoggia, situata a nord formata da sogliere granitiche e piccoli tratti sabbiosi conserva ancora un ambiente incontaminato;
Cala di Giardinelli, situata sul lato orientale dell’isola in vista di Caprera, ricca di spettacolari formazioni granitiche.
Baia Trinita, dove si trova la spiaggia denominata Bassa Trinita, è situata a nord-ovest dell'isola.
Il terreno dell’isola è poco adatto alle coltivazioni ed è per lo più ricoperto da macchia mediterranea; è ricco di specie mediterranee tra le quali il gabbiano corso ed anche il fondale marino è riccamente popolato.